Es documentadamente cierto que, como lo ha afirmado López Obrador, muchos de estos organismos autónomos, se pervirtieron, se politizaron e incluso adoptaron como práctica cotidiana el despilfarro y la gestión de intereses grupales, en contradicción con su vocación. Sin embargo, hoy una discusión de fondo sobre dichos organismos no puede reducirse a la primacía sin más del ahorro presupuestal, pues ello supone simplificar la discusión sobre el futuro que deseamos para México. Es preciso partir de diagnósticos institucionales particulares y discutirlos desde una perspectiva sistémica, puesto que el criterio central es el papel que están llamados a jugar como dispositivos democráticos tan eficientes como eficaces para evitar las injerencias facciosas y para ser contrapesos calificados y efectivos en materia de decisiones públicas.
Así, parece prudente plantear un debate que se abra paso entre dos polos: la tentación centralizadora del poder, hoy argumentada en torno del ideal de la austeridad republicana y, una febril propensión autonomista. Una elemental conclusión preliminar nos dice que la solución no radica en la eliminación a rajatabla de los organismos públicos, sino en actualizar la perspectiva que dio nacimiento a la figura de la autonomía para evaluar y juzgar cada caso, y adecuar los organismos autónomos a las necesidades y condiciones que se viven, a partir de un reconocimiento de la inmadurez e insuficiencia de nuestra democracia.