En lugar de tomar la opinión a todo el pueblo, el Fonatur y el INPI se concentraron en consultar a los representantes ejidales y municipales. La consulta ni se realizó de buena fe ni fue culturalmente adecuada.
La solicitud de amparo fue presentada por el Consejo Regional Indígena y Popular de Xpujil (Cripx). El Consejo se fundó en 1995 con más de 3 mil jefes de familia, indígenas y mestizos. Sus integrantes se toparon, de inmediato, con el monopolio de la representación agraria y social de los comisariados ejidales. Al igual que muchos otros movimientos sociales en el campo mexicano, para contar con una figura jurídica capaz de recibir fondos y tener interlocución política, se constituyeron en asociación civil (AC). Desplazaron al progubernamental Consejo de Zoh Laguna, que durante años mantuvo el control político en la zona.
El amparo promovido por el Cripx expresa el sentir de un amplio sector de Calakmul que no tiene representación ejidal ni municipal y al que no se le tomó su parecer en la consulta. Son expresión legítima del descontento por una consulta que, según la ONU-DH, no cumplió los estándares internacionales de derechos humanos en la materia.