A pesar de todas sus revelaciones, el GIEI sufrió una obstaculización a su tarea en la segunda parte de su mandato, y los antiguos gestores del caso siguieron teniendo control de la investigación, a pesar de haberse creado una nueva unidad. Mientras tanto, el GIEI se convirtió en el último eslabón de la institucionalidad, ayudó a crear puentes de diálogo entre las víctimas y las instituciones del Estado, y generó nuevas condiciones para la atención a los heridos y el acompañamiento a los familiares, uniendo dos cosas que tantas veces están separadas: la investigación y el trabajo con los familiares. También mostró un ejemplo de cómo puede llevarse a cabo una asistencia eficaz y una investigación imparcial basada en pruebas.
Después de agotar el periodo del segundo mandato de seis meses, el Estado mexicano consideró que debíamos terminar nuestro trabajo. Para los integrantes del GIEI, los hechos ocurridos la noche del 26 y 27 de septiembre de 2014 pueden ser plenamente esclarecidos, así como puede ser determinado el destino final de los 43 estudiantes desaparecidos, y solo depende de si se tiene la voluntad para hacerlo.
Mientras el paradero de los estudiantes no se determine y todos los responsables sean llevados a la Justicia, el caso permanecerá como una herida abierta para los familiares, para México y para el mundo entero. Es indispensable la plena colaboración de las autoridades con el mecanismo de seguimiento establecido por la CIDH. Las familias deben tener respuestas claras tanto sobre los hechos, el destino de sus hijos y sobre la posible obstrucción a la Justicia.
Los logros de este trabajo han constituido un paso clave para la lucha contra la impunidad y la impotencia aprendida que viene con ella. Cuando el GIEI presentó su último informe, una multitud de gente gritó: ¡No se vayan! Ese grito muestra la indignación y la esperanza. Lo más importante es acompañarles, no dejarles solos. Una verdad incómoda puede también ser transformadora, y es la única alternativa a la oscuridad que propone la impunidad.