Raúl Plascencia, presidente de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) aseguró que en el sexenio de Calderón los tratos crueles, la tortura y la desaparición forzada aumentaron considerablemente:
«En este tiempo casi se duplicó el número de quejas que atendimos y también la gravedad de asuntos que tiene que ver con atentados a la vida, desapariciones forzadas, cateos ilegales, torturas y tratos crueles, inhumanos o degradantes, que ha colocado a las fuerzas armadas en el primer lugar de violaciones a derechos humanos cuando históricamente no estaban en esas posiciones«.