Jesús Maldonado, mejor conocido como Chuche, vivió su formación jesuítica en un periodo de grandes y difíciles cambios para el mundo, ocasionados por fenómenos como los movimientos estudiantiles en Francia y México, las luchas por la erradicación de la segregación y discriminación racial y la liberación feminista en los Estados Unidos, las revoluciones sociales que prometían grandes transformaciones en América Latina, la gran reforma eclesial y el consecuente impacto social que trajo consigo el Concilio Vaticano II. Ser parte de estos cambios implicaba dar nuevas respuestas a las problemáticas más complicadas de la época, como la pobreza, la exclusión y la represión social.
En 1985, un grupo de jóvenes jesuitas conformaron Acción Popular, un colectivo que analizaba lo que acontecía en el país. En mayo de 1987 se sintieron interpelados por la represión y asesinatos de líderes campesinos y obreros en México, por lo que decidieron impulsar un centro de derechos humanos. De este modo, el 25 de octubre de 1988, Chuche fundó y comenzó a dirigir el Centro de Derechos Humanos Miguel Agustín Pro Juárez A.C., donde colaboró como director hasta 1995.