Desde sus orígenes, la Fundación para la Justicia ha acompañado a familiares de personas migrantes que han sufrido de graves violaciones a derechos humanos como la desaparición forzada, ejecuciones y masacres a manos de actores estatales y no estatales. Esta experiencia ha permitido a la Fundación no sólo la documentación de estas atrocidades, sino también trabajar en conjunto con las familias y autoridades para buscar el acceso a la justicia, exigir la verdad de los hechos, obtener una reparación del daño y garantizar la no repetición.
Uno de los problemas que existen al tratar de buscar soluciones es que no existe un registro oficial confiable de violencias contra la población migrante. Si bien la Unidad de Política Migratoria de la Secretaría de Gobernación lleva un registro, éste dista de reflejar la realidad: para 2025 reportó que 35 personas migrantes en situación irregular sufrieron algún delito en el país. Estos registros se basan en declaraciones de migrantes hechas antes de ingresar a estaciones migratorias, pero es necesario considerar que la mayoría de ellos no denuncian ante las autoridades debido al temor de ser detenidos y deportados, sumado a que no todas las personas migrantes son detenidas, por lo que estas cifras están muy alejadas de la realidad.